小精灵伯纳德是一位身份卑微的粪便清理员，做事神经大条，囧态嗅事不断，而他的梦想是成为大发明家。在今年的圣诞科技大赛上，他又搞砸了实验。恰巧正是这次小小的实验意外给精灵城引来了危机。大反派班尼侵袭精灵城，所有人都面临灭顶之灾。伯纳德在重重险境中误打误撞，却惊喜不断，发现自己是唯一可以拯救这场灾难的人，在甜心女特工雪妮的鼓励下，他鼓起勇气誓要挽救一切

故事接续第一集，当初在篮球场上风光驰骋的神犬Buddy，如今来到了足球场！男孩Josh如今升上了中学，由于他的单亲妈妈爱上了镇上新来的兽医Patrick Sullivan，无法接受的Josh不想一直待在家里面对妈妈，便和好朋友 Tom 加入学校的足球队，后来就连他的爱犬Buddy居然也成为球队的一员，让原本逊到爆的球队起死回生。但是心怀不轨的坏蛋 Natalya 和Popov却想伺机偷走Buddy，带到他们位在莫斯科的马戏团赚大钱。当兽医Patrick Sullivan 向 Josh 的妈妈求婚时，生气的Josh离家跑走，没想到却给坏人好机会趁机带走了Buddy，后来球队教练在车站找到Josh，但却发现Buddy失踪了，眼见比赛就要开始，没有Buddy 的球队只好硬着头皮上场，另一方面，兽医Patrick Sullivan发现了Buddy 的行踪，带警方逮捕了坏蛋，还必须带着Buddy赶往比赛现场，让球队顺利获胜。

围绕蟹黄堡的神秘配方，痞老板和蟹老板展开了新一轮的战争。虽然海绵宝宝成功挫败痞老板的猛烈攻势，但是却依然中了对方的诡计。关键时刻，配方凭空消失，直接后果便是导致没人能再做出蟹黄堡。对于日常极度依赖蟹黄堡的比奇堡的居民来说，这一消息无异于晴天霹雳。小镇的宁静荡然无存，海底世界陷入末世般的混乱与动荡之中。由于搭救了痞老板，海绵宝宝被大家当作叛徒对待。危机时刻，海绵宝宝、派大星、痞老板、蟹老板、松鼠珊蒂、章鱼哥得以穿越时空，并顺着蟹黄堡的香味来到了人头攒动的沙滩上。 在那里他们遇见了利用诡计偷走秘方的胡子海盗（安东尼奥·班德拉斯 Antonio Banderas 饰），于是一场蟹黄堡的攻防战由此展开……

当史酷比一伙驾船进入世界上最神秘的海域——神奇的百慕大魔鬼三角时，恐怖事件接二连三地发生了！从被外星人监视到遇见试图用大炮击沉他们的幽灵海盗，离奇事件不断涌现，令所有人胆战心惊。正当情况变得越来越糟之时，幽灵海盗绑架了弗雷德的父母，并将他的母亲变成了一个海盗！倘若史酷比和薛奇无法破解这个海上之谜，那么他们毫无疑问将成为百慕大的下一批受害者。